三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市，由此引发了严重的惨剧，而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁（Endymion）的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕，上条当麻（阿部敦 配音）和茵蒂克丝（井口裕香 配音）揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。公元2010年。全球规模的“超级飓风”使世界各国遭受了巨大的损失。已经膨胀到80亿的人口一下子减少了50亿，变成了30亿。经济和军事的均衡随之崩溃了。 北美、俄罗斯、北欧被冰雪覆盖，平原地区沉入大海，世界地图突变，混沌时代来临了。
