在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
充满神秘气息的古代土地“上津未原”,那是发生在比这个国家的历史还要早的从前的事……不现实的原定、痛彻心肺的感情,在这片不吉利却又美丽的土地上深深的扎根……以统治着上津未原的“桃歌台学园”和上津未原的豪门家族“守东家”的人们为中心展开了一段幻想奇妙的恋爱绘卷。