三年前太空飞船猎户号坠毁学园都市,由此引发了严重的惨剧,而该事件也促成宇宙电梯恩底弥翁(Endymion)的建设。在恩底弥翁接近完工的前夕,上条当麻(阿部敦 配音)和茵蒂克丝(井口裕香 配音)揭示了热爱歌唱的少女鸣护亚丽莎。
事实证明,世界分为两部分:“天界”和“地界”,而穆恩特来自天界的恶魔王国。长期以来,一股奇妙的力量维持着两个世界的平衡和运转。现在,这种力量正在逐渐枯竭,导致天堂王国陷入混乱。如果它继续这样下去,总有一天灾难会影响地球。做梦是唯一能拯救这一切的人。
平静的东京湾突然发生沉船事故。当人们还在怀疑海底火山是否爆发时,一只巨大的怪物从水中浮出水面,降落在城市里。日本政府领导成立了“不明生物大灾难省”,该省吸引了该国怪人的参与。