2062年,在一个重大的劳动力自动化项目失败后,其核心人工阿尔忒弥斯选择了对抗人类,地球在20年后被摧毁。一个女孩,皇后,在某个基地的地下研究设施醒来。她是人类的三个幸存者之一。但她没有以前的记忆。建设和平部队上校告诉皇后。
住在踯躅台的高中1年级生响裕太,某天醒来后失去了记忆。 之后,裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent·古立特”相遇了。 古立特告诉裕太“去完成使命”,而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。
某日,双叶幼稚园的孩子们正在船屋里愉快的玩耍,一位名叫美色(三石琴乃 配音)的神秘人物忽然现身,紧接着,一艘巨大的飞船将船屋整个抓了起来,来不及逃跑的风间(真柴摩利 配音)和小新(矢岛晶子 配音)等人和飞船一起消失在了空中。