这部电影描述了电视剧版本中发生的故事,两人在接受工作委托后,作为合作伙伴再次会面,开始最初的案件。福尔摩斯研究人员和影迷称之为“福尔摩斯”系列历史上最高的杰作的长篇巨作《巴斯克维尔的猎犬》的故事是原案。
无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。