新干线超进化研究所为了从诞生于“漆黑新干线”的巨大怪物体手中守护日本的未来， 人们开发了“新干线变形机器人SHINKALION”。 具备与SHINKALION较高适合率的孩子们成为驾驶员， 与研究所员齐心协力，面对强大的敌人！ 究竟“漆黑新干线”的目的是……。孩子们能否守护日本的未来……。 变身！SHINKALION！
而香织从很久以前起就一直喜欢着和彦。在吹奏乐团的合宿活动中，两人互相表白成了恋人。接着，两人一同散步、畅想未来，过得十分快乐，但香织似乎藏着欲言又止的隐情。在一个雨夜，和
故事发生在《哥斯拉2：怪物之王》中，哥斯拉与泰坦怪物之间令人震惊的战斗使旧金山变得平坦，并证实了怪物的存在。凯特再一次被一个令人震惊的秘密吓坏了。面对巨大的威胁，她开始了一场全球冒险，以了解她的家人和神秘组织“皇帝”的真相。
