无法在这个世界使用炼金术的爱德华,与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技,希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界,弟弟阿尔冯斯修行炼金术,打扮宛若曾经的爱德华,与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。 而暗地中,慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式,连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。 兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起,爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。
身负重伤的斗牙王用天生牙救活被猛丸杀死的爱人,随即与猛丸展开决战。恶战之后,斗牙王生命将终,他命冥加将天生牙和铁碎牙分别赐予杀生丸和犬夜叉,而拥有邪恶强大力量的丛云牙则被永久封印。 数百年后,丛云牙通过食骨井来到现代,并摆脱了封印的束缚。它先控制犬夜叉的身心,回到战国时代与杀生丸展开一番恶战。危难之际,戈薇的力量使丛云牙被迫离开犬夜叉的身体。但它很快又找到新的替身,并且将已化作白骨的刹那猛丸重新召唤回人间,向斗牙王的两个儿子展开报复……