支笏湖畔で朝を迎えた百合子は、杉野の目覚める前に旅館を出て、室蘭に向った。そこにはかつての恋人、今井が待っていた。彼女は今井につき添ってもらい、病院を訪ねたが、結果は彼女の想像妊娠にすぎないことが分った。そこへ、百合子を追ってきた杉野が現われた。当然のように、百合子をはさんで、杉野と今井は対立した。杉野には、今井が百合子とどんな関係にあるのか分らなかった。一方、百合子はそんな二人の男を後に、ニセコ温泉に向った。杉野と今井も彼女の後を追いやがて雪の温泉町に着いた。百合子は、そこで初めて杉野に、今井をかつて愛したことがあるが、今井が不能だったため別れたこと、そして今井が三年後に男性を取戻したことを打明けた。だが、杉野と今井の間は、一層、険悪になっていった。翌朝、今井と言い争って杉野は雪山に飛び出して行った。夜、百合子と今井は不安に駆られて、杉野を探しに出かけ、山小屋で睡眠薬を飲んでふらついている杉野を発見した。杉野は異様な状態の中で、百合子を抱きすくめた。それを見た今井は、その場を去ったが、今度は杉野と百合子が今井の後を追った。追いついた杉野は、不能のために百合子と別れたという今井の秘密を、今井にぶちまけた。怒った今井は杉野に殴りかかり、杉野は自ら崖から身を躍らせた。百合子と今井は、崖下に駆けつけたが、杉野は教え子の女がいたことを告白しながら息を引き取った。百合子と今井は、冷たい雪の中で、暗然と杉野の死顔に見入っていた。
与此同时，来自国外的红发学生明日香（宫村洋子配音）和玲博丽（林惠美配音）一分为二，以姐妹身份出现，给Ikari真嗣的学校生活带来了巨大的变化。此外，原作中高大帅气的原型也将以娇小可爱的形象作为学院的一部分出现在动画中。该动画以《新世界福音战士》中的人物为原型，取代了原作沉重严肃的氛围，描绘了轻松愉快的校园生活。制作团队首次采用3D Q版设计，搭配逼真的背景和2D拼接，创造出多样化的绘画风格。
