健二之前与组长的老婆私通,因此犯下大忌遭到追杀。此次遭遇过后,这两个游走边缘的青年成为了好朋友。健二立志出人头地,坐上大哥的位置,为此不择手段;忠志则成为一支地下乐队的主唱,专事吹奏口琴。女友怀有身孕,乐队即将签约,在幸福降临前的那一刻,忠志被卷入健二的黑帮纠纷之中,所有美好憧憬瞬间化作泡影……
失去阿尔梅多尼亚首都贝恩的王储朱利叶斯为了恢复自己的权利,向《人类宣言》的发起者大凯撒帝国寻求帮助。大凯撒帝国玛丽亚女王的妹妹琼·尤弗里亚代表帝国协助阿米多尼亚进行谈判。不仅仅是阿尔弗雷登和阿米多尼亚,事情的发展方向即将影响整个大陆的命运。
14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。