从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅,在追查种种事件的过程中,遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……? 这三个“妖怪人”,各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”;憧憬人类,希望通过和人类上同样的学校来理解人类,以成为人类为目标的“贝拉”;看透人类和世间,冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中,以及与人类相互接触的过程中,不断受伤,不断烦恼。即使为了人类而战,但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉市的“看不见的议会”、企图掌控贝姆等三人的她,究竟有何目的?
拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ,这名字在日语中带有“深青”的意义),是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明,而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因,使得他能够看见人眼所不能看到的东西,如粒径为20nm大小的光粒子,红外线、紫外线等等(但在外太空这一特殊生理受到限制)。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活,现正在Generation Blue(蓝色世代)中。 女主角的名字将是阿拉塔·娜露,同样是13岁,是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达,是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能,这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长,从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合,但正是因为这样,导致她自小身体虚弱,需要把氧气放入在手上的吸氧器,现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。 本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上,当时的磐户岛正进行著自治权回复运动,但在某一天,在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击,而为了保护磐户岛,男主角青与人型IFO(Intelligent Flying Object)相遇,并与G-Monster战斗的故事就此展开。
《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。