谁知当一切都按部就班进行之时，意外突然发生。与此同时，距离大使馆不远的一座摩天大楼内，日本首相遭到密码箱炸弹的暗杀，素子之前的上司陆军501机关的机关长库露兹（浅野麻由美 饰）也在爆炸中丧生。经过缜密追查，素子等人发现一种能够篡改记忆的病毒正在网络蔓延，而她的身世居然和一连串的事件有着密切联系。危机当前，阴谋悄然复出水面…… 本片根据士郎正宗的同名原作改编，系《攻壳机动队》诞生25周年纪念作品。
令人惊讶的是，Yukawa这次毫发无损，这激发了他对共平的浓厚兴趣。Yukawa通常一走近孩子就会出现皮疹。津原正树（吉村三美饰演）的尸体是在岸边的碎石场上发现的。他也是绿岩别墅的客人，来到玻璃池寻找一个名叫仙藤秀吉（Shiro饰演）的杀人犯。尽管人们对Tsuwara的死亡心存疑虑，但警方仍然认为这只是一次意外坠落。为了调查事件的真相，Kishiguri Meisha（Yoriko Yoshitaka饰演）和她的同事们赶到了玻璃池。令梅莎没想到的是，一向回避此案的汤川主动要求协助调查此事。
就读于穗群园学园的普通女孩伊利亚，某天遇到了自称是人造自然精灵的红宝石万花筒魔法杖，被迫签约成为魔法女孩伊利亚。此时，她是红宝石之星的持有者，并成为魔术师袁班琳的奴隶，袁班琳是万花筒之杖的原始持有者。在他的指挥下，她被迫帮助取回军衔卡。
