双亲很早就过世了，水原凉带着妹妹明钟住在简朴的公寓中。 突然有一天，从天而降一位神秘的美少女益田西守歌，她率领着一个黑衣军团，自称是水原凉的未婚妻。
继第一季之后，《黑暗之菊》的故事继续以外国电影的形式讲述短小精悍的恐怖故事。这一次扩大了制作阵容，在恐怖领域占据重要席位的导演清水隆（《怨声载道》饰）和井上升（《财富无限》饰）纷纷加盟，无疑提升了本作第二季的恐怖指数。在片尾曲方面，初音带来的《四十九天眼》有着不输前作的邪典光环。此外，官方网站仍不定期提供恐怖短篇小说，让爱好者继续在黑暗世界中游荡。
由于残忍的肢解杀人事件频繁发生，世界各地的人们都处于恐慌状态，但罪魁祸首却是一种人类从未预料到的意想不到的“寄生兽”。这些寄生生物的幼虫在侵入人体或动物身体后，会以寄生大脑为目标。寄生完成后，它们与脑细胞同化，以管理这个“尸体”。
