故事的时代背景是现在的人类衰退之后经过了好几个世纪,人类因为不明原因而导致出生率严重下降,未来人类的人口 大幅锐减,不要说发展,连文明的传承都没有办法了,人类正慢慢地退出历史的舞台。而取代人类出现在地球上的则是一种很像童话故事中才会出现的不明生物妖精。妖精的平均身高只有10公分,三头身的妖精们却拥有高度的智慧,而且非常喜欢吃糖果点心。作为最后一届的毕业生女主角(中原麻衣 配音)毕业之后就回到故乡樟树之里去接续祖父的工作,成为负责斡旋在妖精与人类之间的重要国际公务员“调停官”。虽然如此,由于妖精很少跟人类接触,因此她根本没啥工作可作,因此她想要好好研究妖精的生态。
2002年日本发生多宗奇怪的人口失踪案,记者城户真司为了调查此事,便到其中一个受害者榊原耕一的家中调查,期间他发现了一个咭盒,後来真司意外地藉咭盒的力量变成为幪面超人龙骑,并认识了另一Rider秋山莲(幪面超人KNIGHT)和神崎士郎的妹妹神崎优衣。真司当Rider的目的是保护人类和阻止Rider之间的战斗,相反不喜欢战斗的莲为了救爱人,而被逼与其他Rider战斗。随著其他的出现 ,Rider的战斗渐渐变得激烈,即使真司拼命阻止,但战斗的牺牲者仍来陆续出现。 就在Rider之间的战斗发展到後期,真司赫然发现神崎士郎发起Rider之间的战斗的原因拯救优衣 。原来优衣在小时候已死去,现在优衣的生命是由镜世界的优衣给予的,而这生命在20岁便会用尽,优衣亦会消失。早就得知此事的神崎士郎希望将最後Rider的生命给予优衣,所以便发动Rider之间的战斗。真司知道唯一可以救优衣的方法便是战斗,所以他便要在阻止战斗和拯救优衣之间作出选择。另一方面知道了哥哥的目的的优衣,为了阻止战斗甘愿放弃新生命,并在神崎士郎面前消失。受到优衣的影响,真司决定继续为保护人类而战,可惜最後他为保护一个女孩而被怪物袭击伤重而死。莲则成为最後Rider,成功令爱人苏醒,而自己却伤重而死去。 战斗结束後,神崎士郎重回过去,再一次发动Rider间的战斗,但被优衣阻止。最後神崎士郎返回过去,令Rider之间的战斗不再发生,所有人都各自过著平凡的生活,而优衣亦已经在小时候就死去。