柯南、灰原及少年侦探队成员步美、光彦、元太随博士这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎恰也应双塔所有者、他的学妹常盘美绪之邀,携小兰、园子参加开幕典礼。
负责管理和照顾这些孩子的女人名叫伊莎贝拉(由Yuko Kafida配音),孩子们喜欢叫她“妈妈”。每隔一段时间,就会有一个孩子被收养并离开农场,住在这里的孩子们将此作为他们的人生目标。一次偶然的机会,Emma发现了这个孤儿院背后隐藏的秘密。那些离开的孩子根本没有被收养,而是被屠杀了。住在格雷斯农场的孩子实际上就是这个农场饲养的“牲畜”。