故事围绕着世界上最强的武器——无限Stratos展开,这种武器只能由女性使用。在一个女尊女卑的世界里,主人公“一山编织者”虽然是男性,但却能够操纵is。因此,他被迫进入培训is操作员的学校“is学院”。
有一天,由于一种名为“野兽”的生物的入侵,人类平静的生活结束了。当最后一个人类威廉(由新井良宏配音)从沉睡中醒来时,他发现500年过去了,威廉承载着人类延续的最后希望。在这个世界上,只有知道如何使用圣剑的怪物才能与野兽竞争。
一天晚上,在被称为东京起点的日本桥麒麟雕像旁,一名男子跌跌撞撞摔倒,最终失血过多,奄奄一息。死者名叫青柳武美(由中井敬一饰演),是金崎金属制造公司的负责人。令警方十分不解的是,清流腹部被刺时并没有立即叫救护车,而是勉强走了长达8分钟的路。