时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来,已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球, 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。平凡小镇的大楼突然出现了巨大怪兽,随后自卫队紧急出动,小镇陷入骚乱中。而此时少女YUKI却意外得知同校男生少年TETSU的秘密。原来,TETSU的家里养着一只和这个奇妙生物极为相似的宠物千子。YUKI对TETSU和千子的关系充满了好奇。