唯一能认识到自己存在的刑警鱼住让（松山研一 饰）出现了，直木请求他把自己的话告诉悠依。@哦撸马（阿点）
在一个暴风雨的夜晚，他们遇到了一个颠覆他的世界观的人——一只伤痕累累、脾气暴躁的小老鼠（由细谷和也配音）。紫园对老鼠既好奇又喜欢，不仅不害怕，还救了老鼠。因此，它被认为窝藏嫌疑人，被剥夺了所有特权，随后成为了公园管理员。在经历了这场剧变之后，紫园对它所生活的理想世界产生了怀疑，这座城市也经常发生可怕的死亡事件。这些事件与6号事件有着千丝万缕的联系。越来越困惑的紫园，没有意识到自己正处于生死边缘，在关键时刻被一只四年未见的老鼠救了出来，来到了6号楼外的贫民窟。在这里，紫园逐渐意识到了6号的真相，危险远未离开他们
故事内容延续第一部TV版攻壳机动队STAND ALONE COMPLEX的剧情继续发展。但TV版的2部作品与剧场版无甚联系，可以看做是两个平行世界里发生的事情。 这次TV版第2季的制作班底与第一部相同，同时剧情表达上和第一季一样，每话由不同故事构成，各自独立成章，却贯穿着同一条主线。在剧情上同时电影版导演押井守也参与了协力，不过电影版中凄凉的气氛没有在TV版第二季中体现。
