这是一个怪物和人类共存的世界。很长一段时间以来,怪物一直隐藏在黑暗中,不为人类所知。然而,《种族间交流法》的颁布和实施,让这个看似恐怖但实际上无害的种族走出阴影,进入了人类社会。主人公(由间岛俊二配音)是一个性格温和、没有恶意的普通人。
在危急的情况下,特勤局NERV的葛成美救出了真嗣,并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令:驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝,在看到严重受伤的替补司机Ayumi后,他决定遵守父亲的命令。就这样,从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩,而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察,没有任何动作,好像一切都已经写进了剧本。
在遥远的未来,一个名为“伊甸园”的城市数千年来一直没有人类,这里只存在机器人。人类女婴莎拉从沉睡中醒来,颠覆了当代所有的真相。E92和A37机器人暂时居住在伊甸园外的一个安全避难所,养育着这个本应只存在于古代神话中的人类孩子。