故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德（克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰）抱起一个只剩下头的机械女孩，把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体，取名为Alita（罗莎·萨拉扎尔饰）。麻生圭司发了一封有意义的信和50万日元的佣金，柯南、兰和小五郎去了泉中的月影岛。然而，钢琴家麻生在村里的办公室听到麻生的消息后，被告知他12年前在岛上的一个家庭自杀。
