值此危急时刻，公安九课少校的草薙素子（坂本真绫 配音）率领队员巴特（松田健一郎 配音）、陀古萨（新垣樽助 配音）等人迅速展开行动，与恐怖分子和黑客展开连番恶斗。这支个性满满且身怀绝技的机动部队，还要追溯到2027年6月的某天。时任陆军机密部队501机关中佐的真室在街头被人杀害，公安9课课长荒卷大辅（塾一久 配音）在墓地与生化人草薙素子首次邂逅。后者接受荒卷的委托追查真相，在这一过程中和巴特等人邂逅。这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事…… 本片根据士郎正宗的原作改编。
为了获得能够实现所有愿望的圣杯奇迹般的技术，七位魔术师召集七位灵魂展开一场圣战。他们必须战斗到底，因为最终只有一个人能够获得“圣杯”的力量——“圣杯战争”从这里开始。这场神圣的战斗并没有因为过去的三场战斗而平息；现在，第四场战斗即将开火。
