神秘的EVA Zero飞行员Ayanami在与Ikeyamura达成协议时，抵达了NERV底层的中央教条红池。她的命运似乎要在这里结束了。在关键时刻，川上和美不仅要按照吉信吉的指示完成对“第二次大灾难”和“人类完成计划”真相的调查，还要保护东和秋原，以及防止SEELE与第一架和第二架飞机的身体接触。出于对池原都的仇恨，秋原接受了SEELE引爆MAGI的提议。她能成功吗？为防止人类“终极悲剧”而酝酿的“人类完成计划”，比如与SEELE合作了很长时间的池云田、冬月耕、池吉，能否实现？请在电影《新世纪福音战士》第二部中提供答案。
这一天，即将前往圣莫尼卡广告节担当评委的大泷遇到棘手的难题，某金主客户要求自家拍的无聊广告必须在广告界上获奖，大泷转嫁危机，哄骗太田替自己去海外当评委。临危受命的傻小子先跟随资料室的镜先生（Lily Franky 饰）学习评委技巧，之后拜托精英女同事阿光（北村景子 饰）假扮老婆随行。在海外他们不仅遭遇强劲的对手木泽遥（铃木京香 饰），还必须应对评委们千奇百怪的小伎俩。 过于驽钝迂直的太田能否顺利完成不可能的任务呢？
20世纪，人类和被称作monster的生物们之间发生了一场很大的战争。这场激烈的令人无法想象的战争最后以monster一方的胜利告终。随着时间的流逝，人们逐渐忘记了这件事，迎来了新世纪。
