平静的东京湾突然发生沉船事故。当人们还在怀疑海底火山是否爆发时,一只巨大的怪物从水中浮出水面,降落在城市里。日本政府领导成立了“不明生物大灾难省”,该省吸引了该国怪人的参与。柳生一族贼心不死,沿途派遣数队刺客截杀拜一刀父子,但最后悉数落败。 这一日父子俩投宿旅店,一名叫松女子跑来寻求帮助,拜一刀(若山富三郎 饰)手刃前来追赶之人。闻讯赶来的妓院老板酉藏(浜木锦子 饰)索人,拜一刀拒绝,并甘愿替女孩受罚。