这种物质被称为“奇异物质”（XM），自古以来就一直在感知人们的精神和能力，甚至对人类历史产生了巨大影响。世界各地的机构都在秘密进行这项研究。XM被视为对人类的希望或威胁，大国和大型企业已经爆发了一场争夺战。接受XM的力量，并准备将其用于人类进化的“启蒙军”。将XM视为一种威胁，并准备将其作为“反叛力量”加以控制。世界被分为这两个阵营，斗争一直持续到今天。在这个世界上发生的斗争背后是XM的存在。之后，在2018年。以东京和世界为舞台，围绕XM展开一场新的战斗。将动画、在线位置信息游戏和现实联系在一起，一种前所未有的全新“增强现实娱乐”已经开始。
这部电影改编自同名小说，告诉森中村由纪夫（松坂道里饰演）的故事，他是一名普通的20岁男生，每天过着平凡乏味的生活。有一天，他遇到了以会员制为基础的男孩俱乐部的老板铃木裕堂（由盛振飞饰演）。
《游戏王-怪兽之决斗》改编自漫画《游戏王》，于2000-2004年之间在东京电视台播出。故事以漫画剧情为主，但因为中途漫画故事情节进度跟不上，故加插大量漫画没有的剧情和人物。此举为脱离“原作”独立创作故事奠定下基础。
