在一个风雨交加的晚上,一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向,之后这个村子就爆发了一场瘟疫,所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下,甲贺组众忍者前往该村调查,不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击,只有忍女阳炎(筱原惠美 配音)在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫(山寺宏一 配音), 不久之后他中了那个大汉的埋伏,两人一场血斗,最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵(青野武 配音)出现在兽兵卫面前,原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一,将军对头的手下,浊庵等公义一直在跟踪他们,但其他公义都被杀了,只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计,以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事,而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马(乡里大辅 配音),难道死人还能复活?在与鬼门八人众的交手中,阳炎再次出现并且救了兽兵卫,但她说这只是为了报恩。真的是这样吗……
巨大而神秘的的塔,是三位少年少女的向往,他们约定,建造小型飞机,飞向 塔去一探究竟。 中学三年级佐由理转学到东京。两位少年放弃了制造飞机的打算。浩纪考进东京的高中,拓也继续留在青森的高中就学,彼此在各自的道路上越走越远。 但是,多年后,佐由理在医院中陷入沉睡!这突如其来的病症让三人再次聚在一起。沉睡的病症,与塔的力量有神秘的联系,而塔本身,似乎也成了日本南北开战的据点。 卷入战争与爱情的三人,到底是救佐由理,还是救世界!命运的解答,似乎就在云的那一端,他们曾经约定的地方。
她的念头似乎触怒了专横的榭尔,因此惹来杀身之祸。危急之时,芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士(八岛智人 配音)的救助,并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下,拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手,揭露榭尔一系列的罪行。对她来说,这不啻为一次凶险的旅程…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编,为“壳中少女”三部曲中的第一部(另两部分别为“燃烧”和“排气”)。