圣杯只有一个公认的使用者，大师必须与七个职业的仆人之一签订合同，以证明他有资格拥有圣杯。
电视制片人熊野佳美目睹了日本311大地震的余波，并看到福岛核电站20公里范围内被遗弃的猫狗深受影响。幸运的是，在采访中，她遇到了许多有爱心的人，他们“不怕严酷的现实，不应该放弃可以挽救的生命”。
三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
