游戏以前作 2 年后的日本乡村小镇“稻羽市”为舞台，玩家将扮演刚转学到稻羽市八十神高中 2 年级的主角，在追查神秘连续杀人事件时，潜在的“PERSONA”能力觉醒，同时也开启了进入异世界的大门，与其他 PERSONA 召唤者一同挑战神秘的迷宫。 游戏承袭前作的基本系统并加以强化，结合校园冒险与迷宫战斗 2 大部分。冒险部分将让玩家体验与形形色色的夥伴结交与互动的过程；战斗部分则让玩家与夥伴组队深入本作全新登场的乱数产生迷宫，发挥各自的 PERSONA 之力对抗异世界的神秘怪物。
为了避免这样的情况发生，女王决定派出三个魔法宠物前往人间，他们要找到有资格成为偶像公主的三名少女，委托她们帮助童话王国收集幸福之星。这三人便是雪森苹果、高城蕾拉和笹原名月。 在魔法的加持之下，三名少女得以暂时拥有长大成人的模样，她们通过她们的歌声和舞蹈给人们带来幸福快乐，因为变身维持的时间非常的短暂，所以她们也被人们称为“谜一样的美少女偶像公主”。
肖远志（村上宏郎饰演）是青叶北高中的一名高三学生。一天，他在河边弹吉他时，被一个叫森山吉田的路过的学生看到了。森山被阿志杰出的音乐天赋所吸引，强烈邀请他加入学校乐队，参加学校音乐节的演出。在半推半让之后，阿志同意了。
