为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
《黑礁》第二季继承了第一季的故事内容，于2006年10月2日至12月18日在日本播出。
飞向世界！最强的十一人开始！最后“迈向世界的大门”开启了！足球日本代表“闪电日本”终于宣布了！ 其中包括稲森明日人，灰崎凌兵，野坂悠马。 来自不同学校的菁英选手聚集在一起。
