故事发生在美丽的志摩市。一天，在好奇心的驱使下，在一次交通事故中失去母亲的小男孩向泽头在岛上发现了一块闪闪发光的红色石头，上面有一个鸡蛋。就在他手里拿着它的时候，一只小乌龟从蛋里孵化了出来。
康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。 一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离开了那里。 回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候，电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。 为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”
然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
