东都大学附属医院某夜紧急收容了一名头部受创的神秘男子,脑外科值班医生南方仁(大泽隆夫 饰)为其顺利完成手术,手术转醒后男子却莫名出逃。仁在追赶中自台阶摔下昏迷,再次醒来后发现自己已身处一片树林之中,有盘头武士在厮杀。时间来到最终决战的两年后,在本应已迎来和平的地球上,怪兽们再度倾巢而出。 与此同时,世界各地相继发生了各种入侵超古代遗迹的事件。而GUTS-SELECT(精英胜利队)也迎来了新的队长——时冈(中村优一 饰),众人开启了调查。