为了防止基德得手，女王身边布置大批保镖和警力。中森警官是日本警方的总代表，而他的女儿青子以及基德的真身快斗也同在这列火车之上。 眼看离预定时间越来越近，快斗却始终没有找到宝石真正的藏匿地点。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也尾随前来，他们企图在基德得手之际趁火打劫。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上看出蹊跷。一场宝石的攻防战随即展开……
在绝望的边缘，她从父亲那里收到了一个吊坠，唤醒了她内心深处的神秘力量。这个世界上有比死亡更可怕的事情，在这个监狱里发生的事情绝对是其中之一。“出现在徐伦面前的神秘男孩向她传达了这一信息，莫名其妙的事情接二连三地发生。当她的父亲来到监狱时，他告诉了她这个可怕的真相，以及“迪奥”这个名字“…许伦最终能走出这片被称为监狱的石海吗？最后的决战已经开始，乔斯达家族和迪奥之间长达一个世纪的命运决战即将结束！！
铃可是一名时空巡逻员，某日，在巡逻之中，她发现战国时代即将发生打乱，于是决定穿越到那个时代，解除危机，没想到在穿越的过程中，铃可竟然遭到了莫名的敌人的攻击，兵荒马乱之中，铃可来到了二十世纪，刚刚好跌落到了男孩野原新之助（矢岛晶子 配音）家的庭院之中。 铃可附身在了小新所饲养的宠物狗小白的身上，借小白之口向美伢（楢桥美纪 配音）和广志（藤原启治 配音）说明了事件的前因后果，于是，一家三口跟随着铃可，穿越回了十六世纪的战国时代，在哪里等待着他们的，除了新奇刺激的体验，还有无穷无尽的危险和穷凶极恶的敌人。
