在一个普通的小镇上,生活在一个五口之家的普通小学生高池直也(田村由里配音)、朋友铃木和村(清水爱配音)和伊丽莎·巴恩斯(奈宫理惠配音)过着无忧无虑的生活。这一天,他们偶然发现了一只类似水貂的动物,Yuno Skleia(由水桥香织饰演)。
小新一家还邀请了风间、妮妮、正吉和阿代报名参加“活力超人”南海之旅的周年纪念活动。在《动感超人》电影的首映式上,一群粗鲁的猴子突然出现并绑架了成年人。春日省的防卫队开始营救这些成年人。
故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德(克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰)抱起一个只剩下头的机械女孩,把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体,取名为Alita(罗莎·萨拉扎尔饰)。