Oki医生（石冢云生配音）看到了这种情况，把一只非常顽皮的皮卡丘送给了这个迷路的年轻人，皮卡丘拒绝为精灵球得分。于是，他们两人踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的隔阂逐渐破裂，他们遇到了同伴成子（佐藤杂志配音）和宗慈（Hon Koji配音），并听说了凤凰王的传说。在彩虹羽毛的指引下，任何遇到凤凰王的人都将成为彩虹战士。。。“这部剧场版是《精灵宝可梦》动画系列的第20部电影。这部电影的情节改编自动画系列的第一集《精灵宝宝可梦！这取决于你！”，描绘了高知和皮卡丘开始冒险成为神奇宝贝大师的故事。
大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。
