雏子住进了名为四季庄的宿舍里,让雏子没有想到的是,这里竟然是一家旧书店。在四季庄,雏子认识了很多朋友——个性开朗乐观喜欢吃书的奇怪少女夏川久依奈(富田美忧 配音)、平日里沉默寡言但一旦站在舞台之上就能够口若悬河的荻野千秋(东城日沙子 配音)、外表娇小可爱却一直十分努力的生活着的柊真雪(小仓唯 配音)。
在一次偶然的森林探险中,玛丽看到了传说中的神奇花朵“夜间飞行”,还发现了一把坏扫帚。不幸的是,这把神奇的扫帚把玛丽带上了天空,来到了专门训练魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方,玛丽受到了曼布莱切克女士(天海佑希配音)的热情接待,还遇到了长相奇怪的D医生(小日向文石配音)。虽然女孩迷迷糊糊地变成了巫师学生,但他很快就发现了这里隐藏的秘密。。。这部电影改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说,是米林·鸿昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。