为了对抗突然出现的人类敌人“尼禄”，世界各国组成了一支联合军队。但只有拥有特殊魔法的女孩才能对抗她们。由联合部队领导的柏林夺回行动终于开始了，第501联合作战航空团“对女巫的袭击”再次组建了一支军队。
故事发生在御伽学园里，大神凉子（伊藤静 配音）是一个身材娇小但个性十分凶悍的傲娇少女。在学园中，有一个名为御伽学园学生互助协会的神秘组织，而大神正是其中的一员。
银河帝国贵族社会的腐败和自由星球联盟缺陷的集团政治，可以称之为民主，侵蚀了两国。之后，在8世纪末的万国历中，两位天才的出现推动了历史的发展。“获胜天才”莱因哈特·冯·罗扬克拉姆和被称为“不败魔术师”的杨伟力。两人率领帝国军队和盟军进行了一场未知的冲突。
