《超级机器人大战·原创世纪》的背景是新西历,人类正式开始进出宇宙2世纪,但因为2次大型陨石的坠下,人们的生活还是维持在21世纪初。到了新西历179年,第3颗陨石“流星3(メテオ3)”坠落于南太平洋的マーケサズ群岛海面。
为了陪伴患有哮喘的弟弟星野歩(大桥步夕 配音)去乡间修养,星野一马(浅沼晋太郎 配音)毅然决然的放弃了学校的课程,来到了宁静祥和的山比古町。哪知道,刚刚到达没多久,就发生了让一马心跳加速的意外事件——自己和名叫中津川初(中村绘里子 配音)的陌生女孩子接吻了。虽然中津一副无所谓的样子,但从此,一马成为了她目光无法移开的焦点。 在小镇里,住着各式各样性格单纯而又善良的人们。容易害羞的神社女巫神本圆佳(清水爱 配音),目睹了意外之吻的傲娇娘日向伊吹(青叶林檎 配音),成熟稳重的大姐姐藤堂䌷(高桥智秋 配音)等,在这些可爱女孩子的环绕下,一马能否坚守最初的约定?
故事的主人公黑铁一辉的目标是成为一名能够将灵魂转化为魔剑的“引导骑士”,但由于缺乏魔法天赋,他被其他人戏称为“堕落骑士”。然而,在遇到了来自外国的公主,著名而最强的“a级骑士”斯特拉·弗米安之后,一惠的学术生活发生了变化。