在一次偶然的森林探险中，玛丽看到了传说中的神奇花朵“夜间飞行”，还发现了一把坏扫帚。不幸的是，这把神奇的扫帚把玛丽带上了天空，来到了专门训练魔术师的恩德学院。在这个神奇的地方，玛丽受到了曼布莱切克女士（天海佑希配音）的热情接待，还遇到了长相奇怪的D医生（小日向文石配音）。虽然女孩迷迷糊糊地变成了巫师学生，但他很快就发现了这里隐藏的秘密。。。这部电影改编自玛丽·斯图尔特的英国儿童文学小说，是米林·鸿昌离开吉卜力工作室后制作和拍摄的第一部动画长片。
正义决定协助特工少女·伊姬完成她的任务——回收咒纹，但是事情会那么顺利吗——！？
