然而，随着时间的推移，第一道屏障被打破了，这意味着如果我们袖手旁观，数百年前的悲剧将重演。就在这个关键时刻，精致而又强大的年轻女孩出现了。天真乐观的京玉千（铃木爱奈配音）、温柔冷静的Yoshin（松井哈里子配音）、醉醺醺的Tomoki（三森Rinko配音）、难以捉摸的Hariya（黑田喷泉配音）、可爱娇小的天照（根津子配音），这些女孩正在与名为“撒旦”的最强噬神者战斗。
而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明—— 从石器时代到现代文明，绝对要赶上这科学史的200万年差距！ 前所未闻的创世冒险谭，就此开幕！
由于父母离婚，刚满10岁的中植（神木龙之介饰演）不得不跟随母亲来到农村与爷爷一起生活。中植参拜靖国神社时，一次偶然的机会被选为“麒麟贤子”。当地流传着这样一个传说：被选为麒麟生育的孩子，可以获得传说中的山顶大狗守护的飞剑。
