故事发生在一个虚构的幻想世界里，在这个世界里，人类不再局限于陆地，而是可以在天空中自由飞翔。不受限制的地理条件导致了一项名为“飞行马戏团”的运动的诞生。少年吉弘（由丰坂龙太配音）曾是这一领域的种子选手，被寄予厚望。
一天，致力于研究化学中神秘物质X的Kazuki博士与他的助手和儿子Ken一起发现了一种新物质Z。这种物质在东京发射白光和黑光。这道白光击中了三个女孩，Aki Mura、Haodeshi Mura和Matsuhara Mura，她们是初中一年级的学生。结果，三名飞行女警官诞生了！！与此同时，黑光袭击了东京动物园。猴子山上的一只猴子成了飞行女警察的敌人。女警察将如何保卫这座城市
这是米斯塔希亚的神秘世界，各种种族的“人类”、“神”和“恶魔”混杂在一起。性格开朗的玛纳利亚王国公主“安”和性格内向的龙族公主“格里尔”。自从他们相遇后，马纳利亚魔法学校的生活就开始了。
