“来做我的模特吧，”兰吉说了一句让紫目瞪口呆的话。通过让二和子认识一群有趣的朋友。Yukida Shikako，性格单纯天真（由松本真纪子配音）；表面上看，这可能看起来很叛逆，但在现实中，非常敬业和可靠的吉他手Yonagase Lan（水谷俊辅配音）和男女Isabella（山本大辅配音），以及这些朋友，逐渐找到了他们的人生目标，同时，她和然治也萌生了挥之不去的感情。
在危急的情况下，特勤局NERV的葛成美救出了真嗣，并在西本的指挥下将他带到了NERV的总部。但迎接真嗣的是他父亲的冷酷命令：驾驶一个名为“EVA”的巨大人形机器人与使徒作战。Shinji已经表示拒绝，在看到严重受伤的替补司机Ayumi后，他决定遵守父亲的命令。就这样，从未接受过作战训练的真嗣准备驾驶长荣第一架飞机对抗使徒。世界的命运交给了一个14岁的男孩，而隐藏在“第二次冲击”中的“人类完成计划”似乎也开始采取行动。掌握了所有答案的隐元都只是观察，没有任何动作，好像一切都已经写进了剧本。
