在风之街“风都”，左翔太郎、拍档菲利普以及所长鸣海亚树子三人经营着侦探事务所。看似一片和平的风都背后，神秘组织在地下流通着能让普通人变成Dopant的“恶之盖亚存储条”。十多年前，一只名叫“九尾妖狐”的强大怪物袭击了Kiba Ninja村。当时，第四代火影不惜一切代价，将“九尾妖狐”封印在刚出生的火影忍者身上。木叶村终于恢复了平静，但村民们把鸣人视为“九尾妖狐”一样的怪物，每个人都与他保持距离。
