2008年に放送されたSFアニメ「マクロスF」の劇場版2部作の後編。2009年にロングランヒットを記録した前編「劇場版マクロスF イツワリノウタヒメ」に続き、新天地を目指して宇宙を旅する移民船団「マクロス・フロンティア」を舞台に、ナゾの生命体バジュラとの戦いに身を投じる少年アルトと歌姫シェリル、シェリルにあこがれる少女ランカが織りなすドラマを描く。前編と同じ、テレビ版の総監督を手がけた河森正治が監督を務める。
故事发生在遥远的未来,肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰,为了抵挡异兽的进攻,日本政府成立了防卫组织TLT,其中,夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器,是整个组织内部的中坚力量。