美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。 开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。
在某个朔夜,犬夜叉一行和妖怪奈落展开最终决战。经过一番艰苦缠斗,他们终于消灭这个邪恶的妖怪,漫长的征战终于告一段落。戈薇短暂回到现代休整,随后再次和犬夜叉、七宝踏上寻找四魂玉碎片的旅程;法师弥勒的风穴消失,他返回寺庙拜祭父亲;珊瑚则和云母四处寻找流浪的弟弟琥珀。 安宁的日子并未持续太久,获得自由的神乐在神无的的指引下,见到被封禁在生命之镜中的神久夜。五十年前,在神久夜的力量下,大地陷入永久的月圆之夜。弥勒的父亲弥苞法师将其封禁。为了解开禁锢,神久夜授意神乐寻找龙头之玉、蓬莱玉枝、佛之石钵、火鼠裘、燕之子安贝等五样宝贝。渴望得到永远自由的神乐心甘情愿为其驱使,甚至向犬夜叉和琥珀发起攻击。为了阻止世界毁灭,犬夜叉一行人重新聚首,向神久夜所在的富士山进发……