Shin志千寻（藤原龙雄饰演）原本继承了剑心刽子手的身份，但被新政府背叛，幸免于难。千寻正在秘密地提出一个可怕的计划来统治日本。大久保去世后，Kenshin深感责任重大，无法推卸责任，于是踏上了自己的旅程。一路上，他不仅遇到了京都的女主角草奈良（拓谷泰丰饰演），还第一次遇到了新宿村和志志雄。与此同时，Sagara Sanosuke（青木贵族饰品）、Kamiya（武井佐久饰品）、Akihiko（赤木凯斗饰品）和Saito I（Educhi Yosuke饰品）也相继赶往京都。在乌云密布的时代，一场席卷全国的风暴正在酝酿。。。这部电影改编自Kazuki Hiroshi的经典漫画。
十年前，五个男孩和女孩闯入游乐园一个封闭的鬼屋玩耍，最后，其中一个叫富山由纪（松本花奈饰演）的男孩凭空消失了。之后，男孩川岛铉（广冈隆史饰演）（中岛隆子饰演）的母亲去世，他也随父亲搬到了另一个城市。
1997年，超级电脑炼金之星预测到地球将会破坏招来体所消灭。得知此事后人类用炼金之星的研究技术组成一个全球防御组织GUARD，而XIG则是GUARD的战斗力量。 2000年，天才少年·高山我梦在一次试验中见到神秘的红色光之巨人。
