2029年3月某日,某国大使馆遭到一群经大规模义体改造的武装分子的入侵,众多外国使节及其同侪眷属沦为人质,事态十万火急。草薙素子(坂本真绫 配音)召集巴特(松田健一郎 配音)、陀古萨(新垣樽助 配音)等得力属下,并制定了周密的营救计划。濑能名津流(井上麻里奈 配音)只是一个普通的高中生,但是,某一日,被选中的他居然变身成为了女体!并且,一只陪伴在他身边的内脏玩偶切腹虎(野村道子 配音)开口说起了话。