宇宙世紀(U.C.)0093年,成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望,決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...这是一个外星人和地球人共同生活的时代。在外来移民的压迫和统治下,流传了百年的武士道精神日渐式微。然而,面对下降的趋势,仍然有一群人默默地遵守他们的规范和正义。