四名少年曾经在春天相遇,之后便共同度过了许多个春天,今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始,冢原要强迫佑希参加学校的社团,运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后,个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上,原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此,五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。
物理学家海因茨·施奈德谋杀案的主要嫌疑人爱丽丝被黑社会悬赏。女赏金猎人娜迪在墨西哥遇到了爱丽丝,但爱丽丝并不是来逮捕她的,而是应雇主的要求来保护她。爱丽丝要去南方的家乡,娜迪决定陪她一起旅行。
无奈之下,他带走了一只留下的神奇宝贝——皮卡丘(由大谷幸雄配音)。皮卡丘,也被称为电老鼠,虽然外表可爱,但性格腼腆内向,与人类并不亲近。他经常在稍有不满的时候就放电鼠,暴躁的脾气让小智吃了不少苦头。Daiki博士把神奇宝贝地图和神奇宝贝球作为实用礼物送给了小智。在小智和皮卡丘面前,神奇宝贝的世界里有许多谜题和探索在等着他们。迎接他们的是光明还是黑暗?小智能如愿成为神奇宝贝大师吗?