石河子厌恶源氏的粗俗和懦弱,即使她受到了石河子的侮辱和蔑视,源氏仍然深深地着迷于她。诗和子有一段难忘的感情,他的前男友黑崎纯一(武野直子饰演)是一个十足的卑鄙小人,在分手期间不仅使用了诗和子的身体,还严重伤害了她。在一次偶然的相遇中,志和子遇到了一个叫水岛信(松坂桃丽饰演)的男人,在他们的第一次访问和第二次外出期间,他们发展了一段可怕的关系。然而,水道只是一个痴迷于石河子的身体。警方找到了志和子,并询问了失踪的黑泽明的下落。
被热爱职业摔跤的父亲从小悉心培养长大的华园光(后藤邑子 配音)是个摔跤高手,她从没碰到过对手,直到泷岛彗(福山润 配音)的出现。为了打败彗,光说服父亲考进了白选馆学园高校,并进入了S•A班。
美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦(森谷帝二的弟子,第一弹《引爆摩天楼》中,森谷曾向新一挑战)、天才程序员原。期间灰原的举动异常。 大木提前入住B塔被害,目暮警官着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。 开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。