“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
在这个拥有神奇力量和命运交汇的小镇上,Chiya的梦想能否实现?出生于著名茶馆的勋干(本都峰配音)、天生就有金汤匙但特别平易近人的前进小姐雪见小美(久保由里香配音)和胆小且善于操纵玩偶的早奈(佳村遥配音)在《迷失小镇》中认识了这三个可爱的女孩。他们四个人一拍即合,一起朝着他们的目的地枣屋走去。
在宇宙的神秘角落,令界王神都闻风丧胆的可怕神明悠悠苏醒。他是破坏之神比鲁斯(山寺宏一 配音),漫长的39年沉睡中,比鲁斯梦见与传说中的赛亚人之神对决,而弗利萨被消灭的消息也引起了他对赛亚人的兴趣。