总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后,分别在各自的岗位从事动画制作,并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。 4年后——。人類と怪獣との長い戦いは終結し、平和が訪れた。そんな時代に、怪獣の魂を宿し、怪獣の姿に変身できる少女“怪獣娘”たちが現れる。彼女たちを集めて結成された特別組織“GIRLS”に、新人としてアギラ、ミクラス、ウインダムの3人が配備されることに。