故事发生在遥远的26世纪。外科医生伊德(克里斯托弗·沃尔茨克里斯托弗·沃尔兹饰)抱起一个只剩下头的机械女孩,把她带回家。她安装了最初为她死去的女儿准备的尸体,取名为Alita(罗莎·萨拉扎尔饰)。永恒的“6:59”开始了——在友和家族中,有一种传统,即使用代代相传的“停止境界”技术,让人进入一切停止的“停止领域”。一天,主人公在树上的侄子和兄弟被绑匪绑架了。小夜作为唯一可以打到“古物”的人,为了守护他人、为了自己最喜欢的父亲,使用浮岛神社传承下来的御神刀独自战斗着。